Gran parte del trabajo realizado en el Corredor Marino del Pacífico Este Tropical está hecho a través de redes de especialistas, quienes integran grupos de trabajo en torno a temas específicos. El CMAR cuenta con la Red de Comunicadores, la Red De turismo, la Red de Áreas Marinas Protegidas, y la Red de Ciencia.

El Corredor  tiene una dependencia ejecutiva designada por los gobiernos, la cual rota de país en país, de norte a sur, según lo dispuesto desde la declaración de la iniciativa. Este ente es la Secretaría Técnica Protempore, la cual actualmente se encuentra en Costa Rica.