La Secretaría Técnica es la dependencia ejecutiva con la responsabilidad de cumplir las resoluciones, mandatos y acciones que le asigne el Comité Regional Ministerial y el Comité Técnico Regional.

Actualmente el gobierno de Costa Rica ha asignado, a través del Ministerio de Ambiente y Energía, como aporte a la iniciativa, un funcionario del Sistema Nacional de Áreas de Conservación, a tiempo completo, para ejercer el cargo de Secretario Técnico Protempore y Asesor Técnico.

 
 
 
  • Fomentar las iniciativas y propuestas que contribuyan al cumplimiento de los objetivos del Corredor Marino del Pacífico Este Tropical.
 
  • Instrumentalizar el plan de acciones estretégicas y otros planes que así definan el Comité Regional Ministerial y el Técnico Regional.
 
  • Coordinar la cooperación entre los países miembros del Corredos Marino del Pacífico Este Tropical, gobiernos amigos, organismos internacionales y organizaciones no gubernamentales.
 
  • Identificar y promover mecanismos de financiamiento que apoyen la gestión integral del Corregor Marino del Pacífico Este Tropical y administrar los recursos que se gestionen.
 
  • Intercambiar y diserminar información sobre el Corredor Marino del Pacífico Este Tropical y otras iniciativas.
 
  • Implementar el Plan de Acción del CMAR aprobado por los países parte en Noviembre de 2005.