Declarado en 1995 por el gobierno como uno los santuarios de Fauna y Flora del país, y en 2006 la UNESCO lo declaró “Patrimonio Natural de la Humanidad” por su belleza natural y riquezas biológicas.
Malpelo es un área AICA (Áreas Importantes para la Conservación de las Aves), en la zona habitan aves en peligro, como la colonia reproductiva más grande del mundo del Piquero de Nazca, la Gaviota Rabihorcada y el Petrel Ecuatoriano; otras 57 especies de aves utilizan la isla como lugar de anidación, alimentación o de paso.
Es también sitio de concentración de tiburones (martillos, sedosos, aletiblancos, galápagos, solrayo entre otros) y es de gran importancia para otras especies pelágicas, migratorias y en estado de amenaza como atunes, picudos, carangidos, tortugas y mamíferos marinos.
Malpelo es un área protegida administrada por el Sistema de Parques Nacionales Naturales de Colombia y cuenta con el apoyo de varias instituciones a través de Convenios de Cooperación en especial con la Armada Nacional de Colombia, Conservación Internacional y La Fundación Malpelo/ MarViva.
Considerado uno de los sitios más hermosos del mundo por su belleza natural, declarado Parque Nacional Natural en 1984, se encuentra en proceso de nominación como Patrimonio Mundial de la Humanidad.
Ubicado en pleno Pacífico Colombiano, se caracteriza por su selva tropical y sus arrecifes de coral en los que cada año se presenta uno de los espectáculos naturales más bellos; las ballenas Yubartas más conocidas como ballenas jorobadas, vienen a dar a luz sus ballenatos. Sus aguas también son frecuentadas por delfines, mariposas y cachalotes. El parque tiene 155 especies de aves, de las cuales se sabe 75 son migratorias.